L'isola è a molto brulla e ospita la tipica macchia mediterranea e la gariga. La vegetazione è quindi costituita da oleastro, lentisco, carrubo, Euphorbia dendroides e sommacco. Vi sono alcuni interessanti endemismi quali il cavolo marino (Brassica macrocarpa), il fiorrancio marittimo (Calendula maritima), la finocchiella di Boccone (Seseli bocconi). Uno studio sulla vegetazione delle Egadi riporta a Favignana circa 570 specie.

Favignana fa parte della riserva naturale delle isole Egadi istituita nel 1991.

Nell'area est dell'isola vi sono molti giardini detti ipogei, curati e coltivati all'interno delle cave di tufo ormai dismesse.

È una delle poche isole minori siciliane in cui sia presente una popolazione di rospo smeraldino siciliano (Bufo siculus)

Architetture religiose
Al centro del paese di Favignana sorge la chiesa settecentesca intitolata alla Madonna dell'Immacolata Concezione all'interno della quale è custodito un prezioso crocifisso ligneo del XVIII secolo e una statua marmorea raffigurante Sant'Antonio del XVII secolo.

Architetture civile

Villa Florio è una palazzina neogotica, fatta costruire da Ignazio Florio dal 1876 al 1878 su progetto dell'architetto Giuseppe Damiani Almeyda. Oggi è di proprietà del comune e ospita l'info point turistico.

L'ex-stabilimento della tonnara di Favignana, non più in attività a causa del ridotto numero dei tonni pescati, restaurato tra il 2003 e il 2009.
Attualmente il luogo è aperto al pubblico a pagamento e sono offerte visite guidate da ex operai dello stabilimento. All'interno è possibile trovare testimonianze video legate alla mattanza e alla tonnara, e inoltre filmati storici concessi dall'Istituto Luce. È sede di un Antiquarium, dove vi è una sala nella quale sono esposti reperti storici ritrovati nel mare delle isole Egadi.